Patogenes undersöker utvecklingen av en sjukdom och kedjan av händelser som är förknippade med den, vilken steg för steg bestämmer morfofunktionella förändringar av celler och vävnader som tillhör de drabbade organen. Dessa förändringar kan orsakas av kemiska, fysiska eller biologiska medel (virus, bakterier, etc.).
Medan etiologin definierar orsakerna, studerar patogenes konsekvenserna.
Vid läsning av medicinska texter kan vi därför stöta på termer som: mikrobiell patogenes, inflammatorisk patogenes, viral patogenes, malign patogenes (tendens till en sjukdom, vanligtvis tumör, att gradvis förvärras tills den blir potentiellt dödlig). Många sjukdomar känner igen olika orsaksfaktorer (multifaktoriell etiologi) och ännu fler är de som kännetecknas av olika evolutionära mekanismer (multipel patogenes).
